Theo Công văn số 4435/TCT-KK ngày 8-12-2011 của Tổng cục Thuế hướng dẫn các DN và cục thuế địa phương về thủ tục hoàn thuế GTGT mà DN đã nộp thừa hoặc nộp nhầm thì căn cứ quy định tại điểm c khoản 2 Điều 131 Thông tư số 194/2010/TT- BTC ngày 6-12-2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, thì:

Hoàn thuế GTGT là việc Nhà nước trả lại số thuế GTGT mà đối tượng nộp thuế đã nộp cho Ngân sách nhà nước trong một số trường hợp nhất định. Cụ thể hơn hoàn thuế GTGT là việc Ngân sách nhà nước trả lại cho cơ sở kinh doanh hoặc tổ chức, cá nhân mua hàng hóa, dịch vụ số tiền thuế đầu vào đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh còn chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế hoặc hàng hóa, dịch vụ trong trường hợp tiêu dùng của tổ chức, cá nhân đó không thuộc diện chịu thuế.

Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế GTGT hàng nhập khẩu cho cơ quan Hải quan trong kỳ kế toán (bao gồm trong tháng, quý, năm ngân sách) mà người nộp thuế hoặc cơ quan Hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008TT-BTC ngày 24-12-2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách Nhà nước qua Kho bạc Nhà nước.

Đồng thời người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan Hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế GTGT đã điều chỉnh sang khoản thuế khác chuyển Kho bạc Nhà nước điều chỉnh.

Các trường hợp thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khác cơ quan Hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan Thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định.

Theo đó, các trường hợp hoàn thuế GTGT là : Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong ba tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết và có số thuế còn lại từ hai trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT;

Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ hai trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng.

Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế GTGT của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế GTGT theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.