1. Về đối tượng không chịu thuế: Sửa đổi, bổ sung Điều 5 Luật thuế GTGT quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT:

a) Bổ sung đối tượng không chịu thuế gồm:

- Bảo hiểm về con người, bảo hiểm nông nghiệp cho phù hợp với Luật kinh doanh bảo hiểm sửa đổi, bổ sung năm 2010;

- Bảo hiểm tàu, thuyền, trang thiết bị và các dụng cụ cần thiết khác phục vụ trực tiếp đánh bắt thuỷ sản;

- Dịch vụ cho vay của người nộp thuế không phải là tổ chức tín dụng, bán nợ, kinh doanh ngoại tệ;

- Tài sản bảo đảm của khoản nợ bán ra của tổ chức mà Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập để xử lý nợ xấu của các tổ chức tín dụng Việt Nam;

b) Chuyển dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư thuộc đối tượng không chịu thuế sang đối tượng chịu thuế GTGT với mức thuế suất 10% để bảo đảm tính liên hoàn của thuế GTGT, doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế;

c) Chuyển đổi căn cứ để xác định hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế GTGT của hộ, cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp từ tiêu thức thu nhập so với mức tiền lương tối thiểu sang tiêu thức doanh thu để đơn giản, dễ thực hiện, phù hợp với thông lệ quốc tế và bản chất của thuế GTGT. Qua tính toán, mức doanh thu để xác định hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế của hộ, cá nhân kinh doanh là từ 100 triệu đồng/nămtrở xuống, tương đương với hơn 8 triệu đồng/tháng không phân biệt ngành nghề, địa bàn. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 1 Điều 1 của Luật.)

2. Về giá tính thuế: Bổ sung quy định giá tính thuế GTGT đối với hàng hoá chịu thuế bảo vệ môi trường bao gồm cả thuế bảo vệ môi trường để phù hợp với nguyên tắc và thông lệ quốc tế về giá tính thuế GTGT là giá bán cuối cùng chưa có thuế GTGT. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 2 Điều 1 của Luật.)

3. Về thuế suất thuế GTGT:

Điều 8 Luật thuế GTGT hiện hành quy định thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hoá dịch vụ xuất khẩu (trừ một số trường hợp cụ thể); Thuế suất 5% đối với hàng hoá dịch vụ thiết yếu hoặc là đầu vào phục vụ sản xuất nông nghiệp và thuế suất 10% đối với hàng hoá dịch vụ còn lại.

Theo Chiến lược cải cách hệ thống thuế giai đoạn 2011 - 2020 thì nội dung cải cách thuế suất thuế GTGT là giảm bớt nhóm hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%; nghiên cứu đến năm 2020 áp dụng cơ bản một mức thuế suất (ngoài mức 0%).

Trong một số năm tới, bối cảnh kinh tế xã hội trong và ngoài nước vẫn còn nhiều khó khăn nên cần tiếp tục duy trì nhóm thuế suất 5% đối với hàng hoá, dịch vụ là đầu vào của sản xuất nông nghiệp và hàng hoá phục vụ nhu cầu thiết yếu của người dân, phát triển nhà ở xã hội theo quy định của Luật nhà ở là một chủ trương lớn của Đảng và Nhà nước để bảo đảm nhà ở cho cán bộ, công chức, viên chức, sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp thuộc lực lượng vũ trang nhân dân, công nhân làm việc tại các khu kinh tế, khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao.   

Vì vậy, để khắc phục các vướng mắc trong thực tế và phù hợp với thông lệ quốc tế, bổ sung quy định: (a) áp dụng thuế suất 5% đối với nhà ở xã hội và (b) nguyên tắc xác định hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% là hàng hoá, dịch vụ được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, tiêu dùng trong khu phi thuế quan và hành hoá, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của Chính phủ. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 3 Điều 1 của Luật.)

4. Về ngưỡng đăng ký nộp thuế GTGT và phương pháp tính thuế:

a) Ngưỡng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ:

Luật thuế GTGT hiện hành quy định 2 phương pháp tính thuế GTGT gồm phương pháp khấu trừ thuế (tại Điều 10) và phương pháp tính trực tiếp trên GTGT (tại Điều 11).

Luật thuế GTGT hiện hành chưa có quy định về ngưỡng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, thực tế số liệu thống kê cho thấy khoảng 180.000 doanh nghiệp có quy mô nhỏ và rất nhỏ đang kê khai và nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, doanh thu chưa tới 1 tỷ đồng/năm, số thu thuế GTGT chiếm khoảng 0,3% tổng thu về thuế GTGT. Đối với hầu hết doanh nghiệp này thuộc loại nhỏ, rất nhỏ, công tác kế toán chưa bảo đảm tuân thủ pháp luật về kế toán, nhiều doanh nghiệp thiếu ý thức tuân thủ quy định của pháp luật về kê khai, nộp thuế GTGT. Một số ít lợi dụng để mua bán hoá đơn, vừa ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường kinh doanh, vừa gây thất thu Ngân sách nhà nước.

Theo thông lệ quốc tế, đa số các nước đều có quy định ngưỡng doanh thu kê khai nộp thuế GTGT để xác định đối tượng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (có doanh thu vượt trên mức ngưỡng). Số doanh nghiệp có doanh thu dưới ngưỡng (doanh nghiệp nhỏ) nộp thuế theo phương pháp trực tiếp nhằm đơn giản hoá thủ tục, tiết kiệm chi phí cho người nộp thuế có qui mô kinh doanh nhỏ và chống gian lận thuế.

Vì vậy, bổ sung quy định ngưỡng doanh nghiệp có doanh thu 1 tỷ đồng/năm trở lên để áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT. Doanh nghiệp có doanh thu dưới ngưỡng 1 tỷ đồng/năm phải nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, trừ trường hợp có đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp này. Điều kiện đăng ký tự nguyện để áp dụng phương pháp khấu trừ sẽ giao Chính phủ quy định cho phù hợp với thực tế. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 4 Điều 1 của Luật.)

b) Về phương pháp tính trực tiếp trên GTGT:

Các tổ chức kinh tế có doanh thu dưới ngưỡng (trừ trường hợp tự nguyện nộp theo phương pháp khấu trừ) và hộ, cá nhân kinh doanh sẽ nộp thuế theo phương pháp trực tiếp bao gồm: (1) doanh nghiệp, HTX có doanh thu dưới mức ngưỡng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ; (2) hộ, cá nhân kinh doanh; (3) nhà thầu nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam (trừ nhà thầu nước ngoài cung cấp hàng hoá, dịch vụ trong lĩnh vực dầu khí phải nộp thuế theo phương pháp khấu trừ theo cơ chế khấu trừ tại nguồn) và (4) tổ chức kinh tế khác.

Bổ sung quy định cách tính thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu đối với từng lĩnh vực:

- Phân phối, cung cấp hàng hoá: 1%;

- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;

- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;

- Hoạt động kinh doanh khác: 2%.

(Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 5 Điều 1 của Luật.)

5. Về khấu trừ thuế GTGT:

Để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp,  bổ sung quy định khấu trừ thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hoá, dịch vụ bị tổn thất; bỏ khống chế thời hạn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tối đa là 6 tháng trong trường hợp có sai sót kể từ tháng phát sinh hóa đơn, theo đó doanh nghiệp được kê khai bổ sung vào bất kỳ thời điểm nào trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế; bỏ quy định thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ để bảo đảm nhất quán với nguyên tắc chỉ khấu trừ thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 6 Điều 1 của Luật)

6. Về hoàn thuế GTGT:

- Khoản 1 và 2, Điều 13 của Luật thuế GTGT hiện hành quy định mức tiền thuế đầu vào tối thiểu để được hoàn thuế đối với đầu tư và xuất khẩu là 200 triệu đồng; nay sửa đổi nâng  lên 300 triệu đồng cho phù hợp với thực tế, đơn giản và tiết kiệm chi phí cho cả người nộp thuế và cơ quan thuế.

- Để góp phần chống gian lận trong hoàn thuế GTGT, sửa đổi quy định về hoàn thuế do 03 tháng liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết được chuyển trừ vào số thuế phải nộp của các kỳ tiếp theo và sau tháng thứ 12 hoặc quý thứ 4 (đối với trường hợp lựa chọn kê khai theo quý) mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết thì được hoàn thuế. Đồng thời, bổ sung quy định việc hoàn thuế đối với hàng hoá mang theo khi xuất cảnh của người mang hộ chiếu nước ngoài để khuyến khích khách du lịch người nước ngoài mua hàng tại Việt Nam khi xuất cảnh, phù hợp và thống nhất nguyên tắc hàng hoá xuất khẩu không phải nộp thuế GTGT hoặc được hoàn thuế (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 7 Điều 1 của Luật.)

7. Về giải pháp giảm thuế GTGT nhằm hỗ trợ người có thu nhập thấp mua nhà ở và thị trường bất động sản:

Để góp phần hỗ trợ cho người có thu nhập thấp nhưng không đủ điều kiện mua nhà ở xã hội mua được nhà ở và giải quyết hàng tồn kho lớn trong lĩnh vực bất động sản, vật liệu xây dựng, Luật quy định giải pháp giảm 50% mức thuế suất thuế GTGT  từ ngày 01/7/2013 đến hết ngày 30/6/2014 đối với bán, cho thuê, thuê mua nhà ở thương mại là căn hộ hoàn thiện có diện tích sàn dưới 70 m² và có giá bán dưới 15 triệu đồng/m2. (Nội dung sửa đổi, bổ sung thể hiện tại khoản 2 Điều 2 của Luật)

Ngoài ra, một số nội dung sửa đổi, bổ sung khác như sau:

- Chỉnh sửa một số câu chữ, thuật ngữ trong Luật cho rõ để tránh vướng mắc trong quá trình thực hiện;

- Bỏ quy định về giá tính thuế đối với hoạt động cho thuê lại máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải của nước ngoài loại trong nước chưa sản xuất được trừ giá thuê phải trả cho nước ngoài;

- Bổ sung 7 nội dung đã và đang được thực hiện ổn định, không phát sinh vướng mắc được quy định tại Nghị định của Chính phủ vào Luật để bảo đảm tính cụ thể.

Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2014. Riêng quy định áp dụng thuế suất 5% đối với nhà ở xã hội thực hiện sớm hơn từ ngày 01/7/2013.